菌丝外观上呈白色绒毛状，表面有一层白色结晶物。组成灵芝菌丝体的菌丝依其来源和形态可以分为三种：

灵芝菌丝体和灵芝子实体

1.初级菌丝：或称一次菌丝。由担孢子萌发后直接发育的菌丝，在每一个细胞内只有一个细胞核，菌丝较细，在整团菌丝中没有锁状联合。锁状联合是担子菌菌丝特有的结构，是菌丝线形细胞分裂的一种方式。初级菌丝依靠孢子内贮存的营养来维持生长，故寿命很短。

2.次级菌丝：或称作二次菌丝。它是由不同性别的担孢子萌发的一次菌丝相互融合而成。其中一条菌丝中的一个细胞核移到另一条菌丝的一个细胞中，形成一个有不同性别的两个细胞核的双核菌丝。二次菌丝对基质的侵染能力较强，并能在基质中形成菌丝体。由二次菌丝形成的菌丝体中可见锁状联合。只要基质中营养充分，二次菌丝形成的菌丝体的寿命可以达到几年、几十年。

3.三级菌丝：或称作三次菌丝。次级菌丝形成的菌丝体生长到一定阶段达到生理上成熟后，就会有些菌丝在基质的表面上扭结形成原基，由原基再发育成子实体。这些构成子实体的菌丝就是三次菌丝。三次菌丝的菌丝体结构与二次菌丝体有很大差别，这种菌丝间隙较小，并出现组织和器官的分化如菌柄、菌伞等。

子实体灵芝子实体是一伞形的菇状物，呈紫红色或棕红色。其质地幼时为肉质，成熟变干后为木栓质。子实体由菌盖（菌伞）和菌柄构成。灵芝的菌伞多在菌柄顶端一侧发育，菌柄位于菌伞的一侧。

灵芝菌柄呈不规则圆柱形，有时稍扁且有些弯曲，生长中的两个菌柄一旦接触就很容易长合成为一个粗的菌柄。菌柄呈紫红色，向光的一侧颜色较深。菌柄的粗细、长短随生长环境条件改变。营养充足时，菌柄发育较粗，反之，发育较细。在通气良好的条件下，菌柄发育得很短，在氧气不足、二氧化碳浓度大时，菌柄发育细长。

灵芝子实体的菌盖和菌柄的内部结构是相似的，但菌柄无菌管层，它们的微结构如下：

1.皮壳层：由三层构成：（1）外层是由许多排列紧密、比较粗的菌丝组成。菌丝的尖端向外平行排列成栅状，与菌盖垂直，细胞壁较厚，内充满树脂及色素，构成盖面的颜色及油漆状的光泽。（2）中层是由粗大的厚壁菌丝交织排列而成。菌丝内部有棕红色的树脂质，可使菌盖呈现颜色。盖面颜色呈紫红色的子实体，其中层较厚。发育不够正常、盖面颜色较浅的子实体，其中层较薄。（3）内层是由一些不含有树脂质或色素的菌丝交织组成。其细胞壁也比较厚，是皮壳到菌肉的过渡带。

2.菌肉层：由一些液泡体积较大的菌丝交织组成，由于这些菌丝排列松散，稀疏地交织在一起，间隙较大，使菌肉呈现出木栓质的特征。

3.菌管层：由许多平行排列的管状结构组成。菌管壁是由许多菌丝平行排列而成。这些菌丝末端皆膨胀如大茄梨形—担子。担子壁很薄，细胞质稠密，内含两个细胞核。随着子实体的生长，担子也逐渐成熟；担子内的两个细胞核相互融合成一个核，完成核配，继而连续进行两次有丝分裂，完成减数分裂，产生四个子细胞核。同时，担子小梗成锥体状，顶端尖，在这个尖顶处又膨大产生一个卵圆形的担孢子。当担孢子发育成熟后，在担孢子与担子小梗尖处产生一个液泡；液泡吸水膨胀至破裂，担孢子则被液泡破裂时产生的机械力量弹射到菌管的空腔中，并分散出去。

孢子在显微镜下观察到的担孢子呈卵形，棕色，约（8-2）μmX(5-7)μm大小。孢壁双层，外壁平滑、无色透明，内壁深棕色，有小棘突。由内壁保卫的空强里面充满浓稠的细胞质，细胞质中有一个细胞核和一个黄色至亮黄绿色的油滴（见图）。在电子显微镜下，孢壁外层表面有许多小凹坑及小孔。

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